1.- Introducció
Els arbres filogenètics es construeixen considerant que en
l’evolució biològica tots els organismes descendeixen d’un ancestre
comú. Les semblances del material genètic ens serveixen per
estudiar les relacions filogenètiques entre espècies.
Per construir aquests arbres s’utilitza la informació que
proporcionen els fòssils, la comparació anatòmica, fisiològica i
molecular dels organismes actuals.
2.- Objectius
- Aprendre a construir arbres filogenètics a partir d’una seqüència
d’ADN o proteïna.
- Veure quina és la relació evolutiva entre alguns mamífers.
- Aprendre a utilitzar programes bioinformàtics.
3.- Desenvolupament de la pràctica
3.1 Entra al National Center for Biotechnology Information i entra a Nucleotide, després a Blast,
i després a protein blast.
3.2 Enganxa la seqüència anomenada “a” I entra a BLAST.
>a
MWAFGGRAAVGLLPRTASRASAWVGNPRWREPIVTCGRRGLHVTVNAGATRHAHLNLHYLQILNIKKQSV
CVVHLRNLGTLDNPSSLDETAYERLAEETLDSLAEFFEDLADKPYTLEDYDVSFGDGVLTIKLGGDLGTY
VINKQTPNKQIWLSSPSSGPKRYDWTGKNWVYSHDGVSLHELLARELTKALNTKLDLSSLAYSGKGT
>Rata comuna (Rattus norvegicus)
MWTFGRRAAAGLLPRTASRASAWVRNPRGRERIGTCGRRGLHVTANADAIRHSHLNLHYLGQILNIKKQS
VCVVHLRNSGTLGNPSSLDETAYERLAEETLDALAEFFEDLADKPYTLKDYDVSFGDGVLTIKLGGDLGT
YVINKQTPNKQIWLSSPSSGPKRYDWTGKNWVYSHDGVSLHELLARELTEALNTKLDLSSLAYSGKGT
>Gos (Canis lupus familiaris)
MWTLGRRAAAGLLPRSAPPGSAAAGAGTRGPTRAAPLHGGRGLRVGTGAARGPSHANLSLHHLNQLVNVK
KQSVCLMNMRTVGTVSSPGSLDETTYERLAETTLDSLAEFFEDLADKPYTLEDYDVSFGSGVLTVKLGGD
LGTYVINKQTPNKQIWLSSPSSGPKRYDWTGKNWVYSHDGVSLHELLATELTKAFKIKLDLSSLAYSGKG
T
>Rhesus (Macaco rhesus)
MWTFGRRAVAGLLASPSPAQAQTLTRAPRLAELAQLCSRRGLRTGINATCTTHHTSSNLRGLNQIRNVKR
QSVYLMNLRKSGTLGHPGSLDDTTYERLAEETLDSLAEFFEDLADKPYTFEDYDVSFGSGVLTVKLGGDL
GTYVINKQTPNKQIWLSSPSSGPKRYDWTGKNWVYSHDGVSLHELLGAELTKALKTKLDLSSLAYSGKDA
>b
MWTLGRRAVAGLLASPSPAQAQTLTRVPRPAELAPLCGRRGLRTDIDATCTPRRASSNQRGLNQIWNVKK
QSVYLMNLRKSGTLGHPGSLDETTYERLAEETLDSLAEFFEDLADKPYTFEDYDVSFGSGVLTVKLGGDL
GTYVINKQTPNKQIWLSSPSSGPKRYDWTGKNWVYSHDGVSLHELLAAELTKALKTKLDLSSLAYSGKDA
>Cavall (Equus caballus)
MIYRSPAAISGLGERVDVWRERAAPCLARGRAIPSVSRLLPSPGKRGIVSRSASAGKGTGKGREGGQSSS
LHFLSQILNVKKQSVCVMHLRTTGTLGDPGSLDETTYERLAEETLDSLAEFFEDLADKPYTFEDYDVSFG
SGVLTIKMGGDLGTYVINKQTPNKQIWLSSPSSGPKRYDWTGKNWVYSHDGVSLHELLAAELTKALKTKL
DLSSLAYSGKGT
>Macaco (Macaca fascicularis)
MWTFGRRAVAGLLASPSPAQAQTLTRAPRLAELAQLCSRRGLRTGINATRTTHHTSSNLRGLNQIRNVKR
QSVYLMNLRKSGTLGHPGSLDDTTYERLAEETLDSLAEFFEDLADKPYTFEDYDVSFGSGVLTVKLGGDL
GTYVINKQTPNKQIWLSSPSSGPKRYDRTGKNWVYSHDGVSLHELLGAELTKALKTKLDLSSLAYSGKDA
>Bou (Bos taurus)
MWTLGRRSVASFLPRSALPGFAPTRAGAPRPAKDLSLSGLPGLRIGTAKAPARSQSSLSLRCLNQTLDVK
KQSVCWINLRTAGTLGDAGTLDDTTYERLAEETLDSLAEFFEDLADKPYTFEDYDVSFGSGVLTVKLGGD
LGTYVINKQTPNKQIWLSSPSSGPKRYDWTGRNWVYSHDGVSLHELLATELTQALKTKLDLSALAYSGKD
TCCPAQC
>Ximpance (Pan paniscus)
MWTLGRRAVAGLLASPSPAQAQTLTRVPRPAELAPLCGRRSLRTGIDATCTPRRASSNLRGLNQIWNVKK
QSVYLMNLRKSGTLGHPGLLGSNPYERLAEETLDFLAEFFEDLADKPYTFEDYDVSFGSGVLTVKLGGDL
GTYVINKQTPNKQIWLSSPSSGPKRYDWTGKNWVYSHDGVSLHELLAAELTKALKTKLDLSSLAYSGKDA
>Ornitorinc (Ornithorhynchus anatinus)
MAVGACALGSWLEADWAKPAILLPHTESKQLTKLTSGGSQVAARGQQRRRPGGALPALRDQRVGGREEEG
GASATPGRLRLRGGAASAACGGPGWAAGWLASFSPGERAPVGSGLPPPGRRDGRSAASEPERQGPTCAYY
VQILKIKTQSIQFIHLRKAGTLSDKSSLDETTYEKLAEETLDSLSDFFEDLADKPYTSEDFDVSFGSGVL
TVKLGGDLGTYVINKQTPNKQIWLSSPSSGPKRYDWTGKNWVYSHDGMSLHELLALELSKALKTTLDLSS
LVYSGKDT
>Opossum (Monodelphis domestica)
MSSRCQTQGSVHKATKNSQFQGFRGQIPKVKKQSVLLLNLRKSGTLGDKNSLDETTYEKLAEETLDSLAD
FFEDLGDKPFTSKDYDVSLGSGVLTIKLGGDLGTYVINKQTPNKQIWLSSPTSGPKRYDWTGKNWVYVHD
GVSLHELLEMEFSQTLKTQLDLSSLVYSGKDT
A quina espècie pertany la proteïna "a"?
3.3 Per a continuar la pràctica s’ha de substituir la lletra “a” pel nom
de l’espècie (després del >) a l’arxiu txt.
3.4 Align & Tree (comparar les seqüències): Entra a Multalin i enganxa les seqüències en
format fasta a Sequence data.
3.5 S'han d'alinear les seqüències a Start MultAlin!
3.6 A l'apartat Alignment and tree description (rfd) es poden
observar els resultats i veure l'arbre
i les relacions filogenètiques entrant
a Other descriptions of the family
corresponding to this alignmen
(Es considera Minimal distance between sequences (in PAM) = 0)
3.7 Dibuixa l'arbre resultant:
4.- Conclusions
